医療職の確定申告のやり方
e-Taxで完結する手順を画面つきで

「確定申告」と聞くと、自営業の人がやるもので、病院勤めの自分には関係ない——そう思っている医療職は少なくありません。たしかに常勤で勤務先が一つだけなら、年末調整で課税関係は完結します。ところが医療職は、夜勤バイト・非常勤の掛け持ち・医療費控除・ふるさと納税・住宅購入など、確定申告をすると税金が戻る（あるいは申告が必要になる）場面に意外とよく遭遇します。

そして今は、税務署に行かなくてもスマホとマイナンバーカードだけで申告が完結する時代です。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、画面の案内に沿って数字を入れるだけで申告書が自動で作られ、そのまま e-Tax で送信できます。

この記事では、医療職が確定申告をするケースを7つに整理し、必要なものを揃える段階から、e-Tax で送信し、還付金が振り込まれるまでの流れを、つまずきやすいポイントとあわせて順番に解説します。

確定申告とは — 年末調整との違い

確定申告とは、1年間（1月1日〜12月31日）の所得と、それにかかる所得税を自分で計算して国（税務署）に申告し、納めすぎた税金を取り戻したり、不足分を納めたりする手続きです。令和7年分の申告期間は、原則として翌年（2026年）の2月16日〜3月15日。ただし3月15日が日曜のため、2026年の提出・納付期限は3月16日（月）までに繰り下がります。

会社員・公務員として勤める多くの医療職は、勤務先が代わりに「年末調整」をしてくれます。年末調整は、毎月の給与から概算で天引きしてきた所得税を、年末に正しい金額に精算するしくみです。勤務先が一つで、年末調整で処理できる控除だけなら、確定申告は不要です。

ポイントは、年末調整では扱えない控除や、複数の収入をまとめる必要がある場合に、確定申告の出番になるということです。医療費控除やふるさと納税（確定申告する場合）、住宅ローン控除の1年目などは、年末調整だけでは完結せず、自分で確定申告する必要があります。

医療職が確定申告するケース7つ

では、医療職がどんなときに確定申告をする（したほうが得な）のか。代表的なケースを7つにまとめました。「必要（義務）」と「任意だが得（還付）」が混在している点に注意してください。

① 副業・バイトの所得が年20万円を超える

本業の給与（年末調整済み）とは別に、夜勤専従バイトや原稿執筆・講師などの副業所得が年20万円を超えると、確定申告が必要です。ここでいう「20万円」は売上ではなく、経費を引いた後の所得である点に注意してください。なお、もう一か所からの給与（乙欄で天引き）が20万円を超える場合も同様に申告対象です。詳しくは 医療職の副業と確定申告｜20万円ルールの正しい理解 で解説しています。

② 医療費控除を受けたい

自分や生計を同じくする家族のために支払った医療費が、年間で10万円（その年の総所得が200万円未満の人は総所得の5%）を超えると、超えた分が所得から控除されます。これは年末調整では扱えないため、確定申告（還付申告）が必要です。計算方法は 医療職のための医療費控除ガイド をご覧ください。

③ ふるさと納税（6自治体超／確定申告する場合）

ふるさと納税は、寄附先が5自治体以内ならワンストップ特例で確定申告不要にできます。しかし6自治体以上に寄附した場合や、医療費控除など他の理由で確定申告をする場合は、ふるさと納税も含めて申告しなければなりません。ワンストップ申請済みでも、確定申告をするとその特例は無効になり、寄附金を申告書に入れ直す必要があります。上限額の考え方は 医療職のふるさと納税｜上限額の決まり方 で確認できます。

④ 住宅ローン控除の1年目

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、給与所得者でも入居した年の翌年に、1回だけ確定申告が必須です。2年目以降は勤務先の年末調整で処理できますが、初年度だけは自分で申告します。戻る額が大きいため、忘れると損失も大きいケースです。

⑤ 年の途中で退職し、年末調整を受けていない

年の途中で退職し、その年に再就職して年末調整を受けていない場合、毎月の給与からは多めに所得税が天引きされたままになっていることがほとんどです。確定申告をすれば、払いすぎた所得税が還付される可能性が高いです。退職後の社会保険の手続きは 退職後の社会保険手続き もあわせてご確認ください。

⑥ 特定支出控除を使う

研修費・資格取得費・図書費・学会の会費など、職務に必要な自己負担が一定額（その年の給与所得控除額の2分の1）を超えた場合、超過分を所得から差し引ける制度です。勤務先の証明が必要で、ハードルは高めですが、認定看護師の研修など大きな支出があった年は検討の余地があります。

⑦ 複数の勤務先から給与がある

常勤＋非常勤、あるいは複数の病院・クリニックを掛け持ちしている場合、年末調整は1か所でしかできません。もう一方の給与は年末調整されないため、すべての給与を合算して確定申告する必要があります（その他の給与収入が20万円以下なら申告不要となる例外もあります）。

必要なものを揃える

申告作業に入る前に、手元に書類を集めておくと一気にスムーズになります。e-Tax（マイナンバーカード方式）で進める前提で、医療職が用意するものを整理します。

医療費控除を使う人は、「医療費控除の明細書」を作るために、1年分の領収書を「医療を受けた人」「病院・薬局ごと」に分けて合計しておくと入力が速くなります。加入する健康保険から届く医療費通知（医療費のお知らせ）を使えば、1件ずつの入力を省略できます。

e-Taxでの手順（マイナンバーカード方式）

ここからが本題です。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使い、スマホで完結させる流れを順に追います。パソコン＋スマホ（読み取り用）でも、同じ画面構成で進められます。

STEP 1 — 作成コーナーにアクセス

検索エンジンで「確定申告書等作成コーナー」と調べ、国税庁（nta.go.jp）の公式サイトを開きます。トップの「作成開始」をタップし、提出方法で「スマートフォンを使用して e-Tax（マイナンバーカード方式）」を選びます。

STEP 2 — マイナンバーカードで初回ログイン

画面の案内に従い、マイナポータルアプリを使ってカードを読み取ります。利用者証明用の数字4桁の暗証番号を入力し、スマホの背面にカードをかざして読み取ると、本人確認が完了します。マイナポータルと連携すると、控除証明書などの一部データを自動取得できる場合があります。

STEP 3 — 作りたい申告の種類を選ぶ

「所得税」を選び、給与・年金・副業など、自分の収入の種類にチェックを入れます。ここで選んだ内容に応じて、後の入力画面が出し分けされます。

STEP 4 — 源泉徴収票を入力

手元の源泉徴収票を見ながら、支払金額・源泉徴収税額・社会保険料等の金額などを、画面の対応する欄に転記します。勤務先が複数ある人は、源泉徴収票の枚数分すべて入力します。スマホのカメラで読み取って自動入力できる場合もあります。

STEP 5 — 控除を入力

医療費控除・寄附金控除（ふるさと納税）・生命保険料控除・住宅ローン控除など、該当するものを入力します。医療費は「医療費控除の明細書」の画面で集計を入れ、ふるさと納税は寄附先・金額を入力します。所得税と住民税の還付（軽減）額は、入力に応じて自動計算されます。

STEP 6 — 還付先口座を入力して送信

還付金を受け取る本人名義の口座（銀行名・支店・口座番号）を入力します。最後に内容を確認し、署名用電子証明書の英数字パスワードでカードを再度読み取って電子署名すれば、e-Tax で送信完了です。送信後、受付結果（受信通知）を必ず確認しましょう。

還付金はいつ・いくら戻る

もっとも気になるのが「結局いくら戻るのか」でしょう。還付額は、控除額 × 自分の所得税率でおおよそ決まります（住民税分は翌年度の住民税が軽くなる形で別に効きます）。所得税率は課税所得に応じて5〜45%と幅があるため、同じ控除額でも戻る額は人によって変わります。

下のグラフは、代表的なケースで所得税からの還付額の目安を示したものです（所得税率により上下します。あくまで例としてご覧ください）。

※ふるさと納税の所得税分は寄附額の一部。残りは翌年度の住民税から控除されるため、自己負担2,000円を除いた大半は「税が安くなる」形で戻ります。住宅ローン控除は借入残高・入居年により上限が異なり、年末残高の0.7%が上限の目安。いずれも所得税率により変動します。

還付金の振込時期は、e-Tax で申告した場合おおむね3週間程度（書面提出は1か月〜1か月半程度）が国税庁の案内する目安です。マイナポータルと口座を連携しておくと、振込までの状況を確認しやすくなります。住民税は還付ではなく、翌年6月以降の住民税が安くなる形で効くため、振込を待っても来ない点に注意してください。

よくある失敗

最後に、医療職の確定申告でつまずきやすいポイントを挙げておきます。多くは「知っていれば防げる」ものばかりです。

提出忘れ・期限後申告のペナルティ

納税が必要な人が期限（原則3/15）までに申告しないと、無申告加算税や延滞税がかかります。無申告加算税の割合は申告のタイミングで大きく変わり、税務調査の通知が来る前に自主的に期限後申告すれば本来の税額の5%に軽減されます。調査の通知を受けてから（更正・決定を予知する前まで）だと10%（50万円を超える部分は15%、300万円を超える部分は25%）、税務調査を受けてからでは原則15%（50万円を超える部分は20%、300万円を超える部分は30%）と、遅くなるほど重くなります。つまり気づいた時点でできるだけ早く自主申告するのが得策です。延滞税は2025年（令和7年）中の割合で、納期限の翌日から2か月までが年2.4%、それ以降が年8.7%です（割合は毎年変わります）。なお、法定申告期限から1か月以内に自主的に申告するなど一定の要件を満たせば、無申告加算税は課されません。

控除証明書の紛失

生命保険料控除証明書や寄附金受領証明書を失くすと、入力する金額の根拠がなくなります。保険会社や自治体・ふるさと納税ポータルから再発行を受けられることが多いので、見当たらない場合は早めに依頼しましょう。マイナポータル連携で電子的に取得できるものもあります。

住民税の申告漏れ

前述のとおり、副業所得が20万円以下で所得税の確定申告をしない場合でも、住民税は別途申告が必要です。確定申告をすれば税務署から市区町村へデータが共有されるため住民税申告は不要ですが、確定申告をしないなら、自分で市区町村に申告しなければ申告漏れになります。

計算・入力のミス

源泉徴収票の「支払金額」と「源泉徴収税額」を取り違える、医療費から保険金などの補填額を差し引き忘れる、ふるさと納税の自己負担2,000円を考慮し損ねる——といった入力ミスが典型です。作成コーナーは自動計算してくれますが、入力する元の数字は自分で確認するしかありません。送信前に源泉徴収票と一つずつ突き合わせましょう。

まとめ

• 確定申告は1年間の所得と所得税を自分で精算する手続き。令和7年分は原則2/16〜3/15（2026年は3/16まで）。年末調整で処理できない控除や複数収入がある人が対象
• 医療職で申告が必要・お得なのは、副業20万円超／医療費控除／ふるさと納税6自治体超・確定申告する場合／住宅ローン控除1年目／中途退職／特定支出控除／複数勤務先の7ケース
• 用意するのはマイナンバーカード・源泉徴収票・各種控除証明書・還付先口座。暗証番号（英数字と数字4桁）も事前確認を
• e-Tax（マイナンバーカード方式）なら、「確定申告書等作成コーナー」でスマホ完結。源泉徴収票と控除を入力すれば申告書が自動で作られる
• 還付金は控除額 × 所得税率が目安。e-Tax 申告ならおおむね3週間程度で振込。住民税は翌年6月以降に軽減
• 還付だけの申告に期限のペナルティはなく、5年さかのぼれる。一方、納税がある人の提出忘れは無申告加算税・延滞税の対象。住民税の申告漏れにも注意

確定申告は「難しそう」という印象だけで敬遠されがちですが、e-Tax の作成コーナーは画面の案内に沿って数字を入れていくだけです。一度やれば翌年からは流れがわかります。各控除の詳しい計算は 医療費控除ガイド、ふるさと納税、副業と確定申告 を、節税の全体像は 医療職の節税対策すべて をあわせてご覧ください。

よくある質問

医療職で確定申告が必要なのはどんな人？

代表的なのは、副業・バイトの所得が年20万円を超える人、複数の勤務先から給与がある人、住宅ローン控除の1年目の人です。ふるさと納税を6自治体以上に寄附した場合なども申告が必要です。また医療費控除を受けたい場合や、年の途中で退職して年末調整を受けていない場合は、申告すると税金が戻る可能性があります。勤務先が一つで年末調整だけで完結するなら、原則として確定申告は不要です。

副業やバイトはいくらから確定申告が必要？

本業で年末調整を受けている場合、副業の所得（収入から経費を引いた額）が年20万円を超えると確定申告が必要です。もう一か所からの給与が20万円を超える場合も同様です。ただし20万円以下で確定申告をしないときも、住民税は金額にかかわらず市区町村への申告が必要な点に注意してください。詳しくは医療職の副業と確定申告で解説しています。

還付金はいつごろ振り込まれる？

e-Taxで申告した場合はおおむね3週間程度、書面提出では1か月〜1か月半程度が国税庁の案内する目安です。振り込まれるのは所得税分で、住民税は還付ではなく翌年6月以降の住民税が安くなる形で反映されます。e-Taxとマイナポータルを連携しておくと、還付金の処理状況の通知を受け取れます。

スマホだけで確定申告はできる？

できます。マイナンバーカードと読み取り対応スマホがあれば、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」からe-Tax送信まで完結します。源泉徴収票や控除証明書を手元に用意し、画面の案内に沿って入力すれば申告書は自動で作成されます。署名用（英数字6〜16桁）と利用者証明用（数字4桁）の2種類の暗証番号を事前に確認しておくとスムーズです。

確定申告の期限を過ぎたらどうなる？

納める税金がある人が期限（原則3月15日。2026年提出の令和7年分は3月16日）を過ぎると、無申告加算税や延滞税がかかる可能性があります。無申告加算税は原則15%（50万円を超える部分は20%）ですが、税務調査の通知前に自主的に期限後申告すれば5%に軽減され、期限後1か月以内の自主申告など一定の要件を満たせば課されません。一方、医療費控除など還付だけの申告なら期限を過ぎてもペナルティはなく、その年の翌年1月1日から5年間いつでも提出できます。

年末調整をしていれば確定申告は不要？

勤務先が一つで、年末調整で処理できる控除だけなら確定申告は不要です。ただし医療費控除・ふるさと納税（確定申告する場合）・住宅ローン控除の1年目などは年末調整では扱えないため、受けたい場合は自分で確定申告する必要があります。副業所得が年20万円を超える場合や複数の勤務先から給与がある場合も申告の対象です。使える控除の全体像は医療職の節税対策すべてで確認できます。

---

本記事は2026年（令和8年）時点の制度にもとづく一般的な情報です。確定申告期間・還付申告の期間・e-Taxの手順は国税庁「確定申告書等作成コーナー」「令和7年分 確定申告特集」、ふるさと納税の取扱いは国税庁「No.1155 ふるさと納税（寄附金控除）」および「ふるさと納税をされた方へ」、医療費控除は国税庁「医療費を支払ったとき（医療費控除）」、住宅ローン控除は国税庁「No.1211-1 住宅借入金等特別控除」、無申告加算税・延滞税は国税庁「No.2024 確定申告を忘れたとき」「延滞税の割合」によります。申告期限・税率・加算税等の割合は年により変わります。個別の判断は所轄の税務署や国税庁の公式情報、必要に応じて税理士にご確認ください。本記事は税務に関する助言ではありません。